| 研究中心 | 學科組 | 博碩導 | 碩導 |
| 植物多樣性研究中心 | 植物多樣性與進化 | 王青鋒、嚴雪、劉帆 | 李榮俊 |
| 植物繁殖生態學 | 楊春鋒 | 葉忠銘 | |
| 東非植物區系與分類 | 胡光萬 | ||
| 植被生態學 | 江明喜、魏新增、喬秀娟 | 徐耀粘 | |
| 森林生態學 | 黨海山 | ||
| 入侵生態學 | 黃偉 | ||
| 系統與進化植物學 | 王恒昌、閆娟 | 孫延霞 | |
| 東亞植物演化、保護與創新利用 | 邱英雄 | ||
| 宏觀生態學 | 陳思翀 | ||
| 植物演化與功能基因組學 | 萬濤 | ||
| 特色農業資源植物研究中心 | 獼猴桃種質資源與育種 | 鐘彩虹、李大衛 | 李作洲、張瓊、 李黎、黃文俊 |
| 凈果獼猴桃遺傳育種 | 王彥昌 | ||
| 獼猴桃群體基因組學 | 姚小洪 | ||
| 果樹分子育種 | 韓月彭 | 廖燎、鄭蓓蓓、曹運鵬 | |
| 草坪草與牧草分子育種 | 陳良 | 張玲玲、謝燕、曹麗雯 | |
| 園藝植物基因組與分子改良 | 高磊 | 李珊 | |
| 植物生物信息學 | 張秀軍 | 劉芳 | |
| 藥用植物資源 | 張燕君 | ||
| 植物化學生物學 | 郭明全 | 陳桂林 | |
| 微藻生物技術 | 王中杰、丁奕、溫小斌 | ||
| 園藝作物逆境生物學 | 辛海平 | ||
| 植物代謝組學 | 丁俊 | ||
| 藥用植物藥理學 | 李晶 | ||
| 果樹品質與抗性生物學 | 安建平 | ||
| 流域生態研究中心 | 系統生態學 | 張全發、葉琛 | 譚香、王偉波、蔣浩、王德智、舒梟 |
| 濕地生態學 | 劉貴華 | 馬琳、吳君君、周雯 | |
| 全球變化生態學 | 劉峰 | 田秋香、姜慶虎、趙汝東 | |
| 生態景觀工程 | 劉宏濤 | ||
| 農業環境生態 | 劉毅 | 李志國 | |
| 功能生態學 | 左娟 | ||
| 水域生態過程學 | 劉文治 | ||
| 元素循環與生態恢復 | 張克榮 | ||
| 水生植物研究中心 | 水生植物生物學 | 李偉、黃文敏 | |
| 水生植物生物地理學 | 陳進明、石濤 | ||
| 水生植物與水生態系統健康 | 邢偉 | ||
| 環境基因組學 | 楊玉義 | 萬文結、苑文珂 | |
| 蓮種質資源與遺傳育種 | 楊美 | 鄧顯豹 |
