面向水域生態系統健康和水環境安全等重大國家需求，聚焦水生植物重要的科學、生態、經濟與文化價值，研究其關鍵功能性狀的適應性進化過程與機制，揭示現代水生植物多樣性分布格局的形成、動態與維持機制，建立與發展以代表性水生植物為模式的水生植物生物學研究體系，創制目標導向的水生植物新種質；闡明水生植物動態變化的生態效應，建立以水生植物為核心的水生態系統結構與功能表征體系。
主任：李偉
副主任：楊玉義、陳進明
中心包含的學科組
| 中心名稱 | 學科組名 |
| 水生植物研究中心 | 水生植物生物學 |
| 水生植物生物地理學 | |
| 水生植物與水生態系統健康 | |
| 環境基因組學 | |
| 蓮種質資源與遺傳育種 |
