面向國家資源植物收集保護與可持續利用需求，立足于園藝、藥用和能源等經濟植物資源種質創新與開發利用，致力于資源植物收集與評價、優質高抗性狀形成的遺傳機制、新品種創制及其產業化應用配套技術、功能化合物開發與應用等研究，為我國特色農業的快速可持續發展提供理論與技術支撐，引領我國特色農業產業的發展。
主任：韓月彭
副主任：高磊、辛海平
中心包含的學科組
| 中心名稱 | 學科組名 |
| 特色農業資源植物研究中心 | 獼猴桃種質資源與育種 |
| 凈果獼猴桃遺傳育種 | |
| 獼猴桃群體基因組學 | |
| 果樹分子育種 | |
| 草坪草與牧草分子育種 | |
| 園藝植物基因組與分子改良 | |
| 植物生物信息學 | |
| 藥用植物資源學 | |
| 植物化學生物學 | |
| 微藻生物技術 | |
| 園藝作物逆境生物學 | |
| 植物代謝組學 | |
| 藥用植物藥理學 | |
| 果樹品質與抗性生物學 |
