(1) 水生植物多樣性與水生植被恢復：主要揭示水生植物時空格局及形成機制；環境脅迫機理和水生植物響應；植物的抗逆性及對環境適應機制；水生植被恢復與水域生態系統功能優化。

　　(2)流域生態過程與水資源保護：主要揭示生態系統組成、結構和生態過程的演變規律；流域內生態系統生源要素時空格局及其遷移轉化規律；流域內水陸各子系統功能的耦合機制；流域生態過程對水環境的調控機理。

　　(3)流域生態安全與可持續發展：主要揭示植物資源利用與環境可持續性；流域景觀要素的時空格局及形成機制；生物入侵機制及生態環境效應；流域內經濟發展、資源利用與環境保護相互協調的可持續發展。

　　研究方向1:主要針對維系流域生態系統結構和功能穩定的水生植物資源進行突破，從個體、種群、群落和生態系統等多層次上，研究水生植物對環境變化的響應機制及其在流域生態系統中的環境效應；

　　研究方向2: 從流域尺度，研究流域內水域、水陸交錯帶、濕地和陸地各子系統內生源要素遷移規律及子系統間的耦合機制，闡明流域生態過程對水環境的調控機理；

　　研究方向3: 強調流域生態系統—社會—經濟的相互關系，形成流域生態安全與可持續發展的戰略對策。三個研究方向間有機關聯，總體上服務于實驗室以水資源保護為宗旨的退化生態系統的恢復和植物資源可持續利用的科技創新目標。