中國科學院水生植物與流域生態重點實驗室(Key Laboratory of Aquatic Botany and Watershed Ecology, Chinese Academy of Sciences)成立于2008年12月，依托于中國科學院武漢植物園。實驗室主任為張全發研究員，學術委員會名譽主任劉建康院士，主任韓興國研究員。實驗室立足于我國水資源保護的重大國家需求，系統研究流域復合生態系統內的物質、能量、信息流動及水域、水陸交錯帶、濕地和陸地子系統之間的耦合機制，揭示流域生態環境的時空格局及演化規律，開展植物資源利用的環境可持續性、退化植被恢復與生態工程重建及水資源保護的技術創新。

　　實驗室下設生態中心、水生植物研究中心、園藝中心三大中心，并依托武漢植物園良好的水生植物資源圃、水生實驗溫室、新建的科研溫室、及在三峽庫區和南水北調水源地布置的野外研究試驗基地等相關資源及設施平臺，利用園內相關研究單元和學科組的科研及設備優勢，優化人才隊伍結構，重視人才培養，目前已擁有一支優秀的、結構合理的研究隊伍。實驗室現有固定人員59名，研究員8名，其中博士生導師7名，在讀博士24名，在讀碩士37名。技術人員7名，管理人員2名，是一支中青年相結合的、高水平、高素質的科研團隊。

　　水生植物與流域生態重點實驗室的發展目標基于生態學、保護生物學和系統科學的發展趨勢，和我國社會經濟發展對植物資源保護、退化生態系統恢復及水資源安全保障的重大需求，以流域為基本單元，開展水生植物的抗逆機理和生態系統功能、流域生態過程與水資源保護、資源利用和退化生態系統恢復與重建、流域生態安全與可持續發展的研究，以及流域內陸地、水陸交錯區、濕地和水域等各子系統生態過程的耦合；促進我國流域科學的發展，為植物資源利用的環境可持續性、流域生態系統恢復和水資源安全提供理論基礎和技術支撐。通過8-10年的運行，爭取把實驗室建設成為相關領域國際一流的實驗室。