中國科學院辦公廳2009年12月29日，科發計字〔2009〕257 號文件通知， 為加強中國科學院科研基地建設，促進基礎研究、應用基礎研究和社會公益性研究工作持續、穩定地發展，經研究，決定成立“中國科學院植物種質創新與特色農業重點實驗室”等33個院重點實驗室。 

　　自此，中國科學院植物種質創新與特色農業重點實驗室正式批準成立。