蓮作為蓮科蓮屬多年生草本水生植物,是我國重要的水生經濟作物。自武漢植物園公布了“中國古代蓮”基因組框架圖譜以來,對于蓮基因組信息的后續研究便大量開展。單核苷酸多態性(SNP)作為新的遺傳標記對基因定位及相關育種研究的意義非常重大。選擇性剪切(alternative splicing)作為一個基因編碼出不同轉錄本和蛋白質的重要途徑,對滿足生物體所需蛋白多樣性具有重要意義。因此開展蓮基因組中的單核苷酸多態性和基因的選擇性剪切的研究,不僅對于進一步完善蓮基因組信息具有重要意義,也將極大的促進蓮的分子育種以及蓮的其他分子生物學方面的研究。
中國科學院植物種質創新與特色農業重點實驗室水生植物基因組學與遺傳育種(原資源植物繁殖生物學)學科組楊美副研究員在楊平仿研究員的指導下,利用該園獲得的蓮基因組及相關轉錄組數據,深入分析了4種亞洲蓮的單核苷酸多態性和選擇性剪切,相關研究結果已整理成文,在線發表在PLoS ONE上.
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四種亞洲蓮SNP的數目及類型
A. 四種亞洲蓮SNP分布的韋恩圖;B. SNP數目在該研究(I)與前期研究(II)的比較;
C. 四種亞洲蓮SNP類型比較