石濤,2007年就讀于中國科學院武漢植物園保育遺傳學科組,并于2012年獲得博士學位。2015年從蘭州大學博士后出站,同年在武漢植物園水生植物基因組學與遺傳育種學科組工作。目前,主要研究蓮的基因組宏觀和微觀進化,揭示其基因組中各類功能分子在適應不同生態環境過程中形態和生理變化的遺傳變異基礎。
蓮(Nelumbo nucifera)是水生植物中兼備食用、觀賞、文化和藥用價值的代表性物種。從宏觀進化角度來看,蓮是真雙子葉植物基部的物種,其祖先大約于1億2千萬年前與核心真雙子葉植物分開,是冰期以前的古老植物,它和水杉、銀杏、中國鵝掌楸、北美紅杉等同屬未被冰期的冰川噬吞而幸存的孑遺植物代表。蓮的分子進化速率是真雙子葉類群中相對保守的物種,因此其基因組也可能更接近原始的真雙子葉植物祖先,其基因組學研究在揭示植物基因組在大時間尺度的進化過程有重要意義。而在微觀進化的角度來看,蓮在適應自然界不同環境的漫長歷史中演化出各種變異類型,如地下莖膨大的溫帶型蓮和地下莖不膨大的熱帶型蓮。又經過長期的人工馴化和栽培,分化出花蓮、子蓮和藕蓮為代表的三大類栽培蓮。因此,蓮的群體基因組研究對揭示蓮的形態生理變異和適應性進化有重要的意義。
蓮的基因組較大,且組成復雜。針對涉及蓮基因組進化的不同的問題,石濤采取了對應的分析策略解決了一部分重要的科學問題。他從宏觀進化的角度對蓮的小RNA轉錄組學進行研究,在蓮中發現來自不同家族和不同功能的miRNA的靶基因數目、拷貝數、出現年齡和在基因組多倍化中的保留狀況不僅決定了不同的miRNA家族在不同植物類群中的命運(保留或丟失),還決定了MIRNA 序列的保守性。同時,從微觀進化角度,MIRNA 序列分化會加速溫帶型和熱帶型蓮葉子和地下莖發育過程中靶基因表達模式的分化,對兩種蓮表型分化,特別是地下莖分化具有重要推進作用,相關研究結果發表在Plant Journal雜志、Plant Signaling &Behavior雜志。此外,石濤在2年時間內幫助課題組組長指導博士生對花蓮、藕蓮、子蓮等進行群體進化研究,揭示了各類蓮的遺傳結構及可能參與蓮地下莖表型分化的重要基因。將一名對基因組學和生物信息零基礎的學生培養成能在SCI期刊JIPB上發表封面論文的優秀畢業生。同時,也幫助指導另一位碩士研究生,今年已經成功轉博。此外,石濤還認真完成課題組組長交付的其它科研任務,對水稻的miRNA組學及進化進行分析研究并撰寫論文,以并列通訊作者發表于Plant Molecular Biology。此外,石濤博后期間參與的工作,也于去年、今年陸續以其他作者身份,發表在Plant Physiology, Molecular Plant等雜志。同時,2017年獲得國家自然科學基金青年項目一項。
在本職科研工作以外,石濤還協助課題組長培養和管理研究生,幫助組內組外研究生處理生物信息和組學分析的各類問題,協助簽訂項目合同。此外,在日常工作生活中,他尊重領導、團結同事,積極面對各種困難和挑戰。以樂觀的心態對待自己的科學研究和職業發展。2018年,新的開始,他相信會繼續以高效的工作效率面對新的科研挑戰!
