以往的分子系統發育研究往往基于單個或幾個基因的序列。而在基因組時代，全基因組信息往往被利用研究分類群之間的進化關系。由于功能上的差異，不同的基因、基因家族有時會存在不同的進化歷史，用不同基因家族的序列研究物種間的進化歷史可能存在著準確度上的差異。例如，在植物中與脅迫抗病相關的R-gene進化上相對不保守，在不同類群中存在單獨復制和丟失事件；而大多數管家基因(house keeping genes)在進化上并不發生復制，且序列上相對保守。
以基因樹最簡約法(Gene Tree Parsimony, GTP)為代表的系統基因組學(Phylogenomics)能夠利用具有復雜的基因復制歷史的基因家族數據來建立物種的系統發育樹。GTP的方法主要尋找可以解釋最少（基因復制）進化事件的最佳的物種系統進化樹。然而，這種系統基因組學方法的準確性在不同進化模式的基因家族的背景下尚不了解。
武漢植物園水生植物基因組學與遺傳育種學科組助理研究員石濤利用多個被子植物的基因組序列，揭示了具備不同特征的基因家族進化歷史對構建物種間的進化關系準確度的影響。該研究結果表明，基因家族的大小和基因家族在某個分類群中特異性擴增和縮小對GTP研究物種系統進化的準確性有強烈的影響，形成二項式曲線性（binomial）關系。根據這種進化模式對系統進化分析準確性影響的程度，可以量化GTP中的每次復制事件的生物學代價(biological cost)，從而增加構建系統進化樹的準確度。該研究發表在國際SCI期刊Molecular Phylogenetics and Evolution上。
不同的基因家族的總體大小和在不同的分類群中的成員數有所不同，而這種差異直接影響著構建分類群的系統發育樹的準確度
