2009年  

　　（1）與加拿大遙感中心、美國Oklahoma大學、North  Carolina大學、Toledo大學以及丹麥Aarhus 大學等建立了長期合作關系，就漢江流域人類活動與水環境關系、大型工程生態安全等開展合作； 

　　（2）與英國Centre for Ecology & Hydrology、美國弗羅里達大學植物學系和丹麥Aarhus 大學等在湖泊生態系統領域建立了良好的合作關系； 

　　（3）與美國農部農業研究局、林務局等在入侵生物與生物安全方面開展了全面合作，先后在黑藻、烏桕、虎杖、杠板歸、懸鉤子等生物防治方面簽署了合作協議，每年合作經費達80-100萬元； 

　　（4）與國際植物營養研究所合作，承擔了“幾種優良園林綠化植物的規模種植配方施肥研究”、“江漢平原速生楊樹施肥對土壤環境的影響及農林復合模式研究”，合同經費150萬元； 

　　（5）廣泛加強國際和合作與交流，執行了包括美國萊斯大學生態與進化系系主任Evan Siemann博士、美國內華達大學自然資源與環境科學系主任Kurt Pregitzer博士的2個中國科學院外國專家特聘研究員計劃。 

　　2010年 

　　（1）在入侵植物研究方面，與美國萊斯大學、美國農業部入侵植物實驗室密切合作，在外來植物傳入機理及生態學效應方面開展研究，合作結果在國際著名生態學雜志發表。 

　　（2）在目前開展肯尼亞生物多樣性調查的基礎上，逐步拓展坦桑尼亞、蘇丹、埃塞俄比亞、博茨瓦納、納米比亞、馬達加斯加等非洲國家的生物多樣性保護與研究，通過技術及人員培訓、聯合研究、野外臺站建設等途徑，建設“中國科學院非洲生物多樣性研究中心”，服務中-非戰略合作。已成立了武漢植物園“非洲生物多樣性研究中心”，并與肯尼亞“喬莫·肯尼亞塔農業與技術大學”簽訂生物多樣性保護與人才交流合作協議。同時，前期組織院內有關研究所對肯尼亞、乍得、南非及喀麥隆等非洲國家生物多樣性現狀進行了多次考察，為非洲有關國家培養和輸送了生物多樣性方面的專業研究人員。