依據世界濕地科學發展的前沿與熱點，結合湖北省濕地生態系統的結構與功能特點、受威脅情況，以及生物多樣性保護的特點，擬設定以下研究方向：

    綜合利用地理學、地質學、物理、化學與生物學等多學科交叉及多種古環境代用指標交叉研究，以江漢平原地區為重點區域，重建該地區不同時間尺度（以近10000年來、近100年來與近50年來3個時間尺度為重點）濕地生態系統的動態變化序列；重點探討流域地下水與地表水的演變與濕地形成、演化的關系，以國家重點水利工程，如三峽工程、南水北調中線工程為例，研究流域調水對下游濕地的影響。重點研究點源和非點源污染對濕地水環境的影響，包括人類活動引起了湖泊濕地重金屬增高、農業有機農藥和工業廢水等引起的持續性有機污染物增高等；以濕地生態系統中的物質轉化過程為基礎，研究典型污染物在濕地生態系統中的行為與動力學規律，闡述濕地的污染物凈化機制。

   以濕地生態系統的可持續發展為目標，深入研究濕地生態系統的多樣性與維持機制，完善濕地生態系統保護的理論與方法，為濕地自然保護地（區）規劃、管理與監測提供理論與技術支撐；以典型濕地生態系統的生態過程與生態功能的動態變化研究為基礎，闡述濕地生態系統與全球變化、流域水文過程、人類活動的關系，為濕地生態系統的保護和科學管理提供基礎。

   以濕地生態系統結構與功能穩定性評價研究為基礎，建立與完善濕地生態系統服務與健康評價體系；針對受損濕地生態系統的結構與功能特征，建立以恢復目標為導向的濕地生態系統恢復重建的理論與方法體系。