園藝植物基因組與分子改良學科組
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園藝植物基因組與分子改良學科組成立于2020年。課題組以番茄、獼猴桃等重要園藝作物為主要研究對象，基于基因組學前沿技術，著重闡釋園藝作物進化、馴化過程中基因組多樣性動態變化規律，解析關鍵農藝性狀形成的分子機理，致力于園藝植物資源的高效開發利用，服務果蔬的分子改良和新品種創制。
研究組長
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姓 名 | 高磊 | 學 歷 | 博士 |
| 職 稱 | 研究員 | 職 務 | 博士生導師, PI | |
| 通訊地址 | 武漢市東湖新技術開發區九峰一路201號 | |||
| 郵政編碼 | 430074 | 電子郵箱 | leigao@wbgcas.cn | |
| 姓 名： | 高磊 |
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| 學 歷： | 博士 |
| 職 稱： | 研究員 |
| 職 務： | 博士生導師,PI |
| 通訊地址： | 武漢市東湖新技術開發區九峰一路201號 |
| 郵政編碼： | 430074 |
| 電子郵箱： | leigao@wbgcas.cn |
簡要履歷
| 別于2003年和2006年獲南京林業大學學士和碩士學位，2010年獲得中國科學院研究生院博士學位，同年在武漢植物園參加工作，任助理研究員。2017-2020年于美國康奈爾大學Boyce Thompson Institute做博士后研究，2020年8月回到武漢植物園，組建學科組，任研究員。主要從事番茄等園藝植物基因組學研究，構建了第一個番茄泛基因組，發表了醋栗番茄、花椰菜、卷心菜等的高質量參考基因組，闡明了基因組結構變異在作物馴化和重要農藝性狀形成中的重要作用。近年來，在Nature Genetics、Nature Communications、Plant Biotechnology Journal、BMC Biology等期刊發表論文十余篇。 |
獲獎及榮譽
| 2014年 | 湖北省第十五屆自然科學優秀學術論文一等獎 |
| 2015年 | “JSE Outstanding Papers” of Journal of Systematics and Evolution |
研究組科研項目
- 國家自然科學基金面上項目：番茄野生資源泛基因組及抗病基因的研究，2022-2025
- 中國科學院高層次人才項目：園藝植物基因組分析與重要農藝性狀形成機制，2020-2025
研究組代表成果
代表性論文：
- Gao L, Gonda I, Sun H, Ma Q, Bao K, Tieman DM, Burzynski-Chang EA, Fish TL, Stromberg KA, Sacks GL, Thannhauser TW, Foolad MR, Diez MJ, Blanca J, Canizares J, Xu Y, van der Knaap E, Huang S, Klee HJ, Giovannoni JJ, Fei Z. 2019. The tomato pan-genome uncovers new genes and a rare allele regulating fruit flavor. Nature Genetics, 51: 1044-1051.
- Yu X, Qu M, Shi Y, Hao C, Guo S, Fei Z, Gao L. 2022. Chromosome-scale genome assemblies of wild tomato relatives Solanum habrochaites and Solanum galapagense reveal structural variants associated with stress tolerance and terpene biosynthesis. Horticulture Research: uhac139.
- Wang X, Gao L, Jiao C, Stravoravdis S, Hosmani PS, Saha S, Zhang J, Mainiero S, Strickler SR, Catala C, Martin GB, Mueller LA, Vrebalov J, Giovannoni JJ, Wu S, Fei Z. 2020. Genome of Solanum pimpinellifolium provides insights into structural variants during tomato breeding. Nature Communications, 11: 5817.
- Zhou H, Ma R, Gao L, Zhang J, Zhang A, Zhang X, Ren F, Zhang W, Liao L, Yang Q, Xu S, Otieno Ogutu C, Zhao J, Yu M, Jiang Q, Korban SS, Han Y. 2021. A 1.7-Mb chromosomal inversion downstream of a PpOFP1 gene is responsible for flat fruit shape in peach. Plant Biotechnology Journal, 19: 192-205.
- Guo N, Wang S, Gao L, Liu Y, Wang X, Lai E, Duan M, Wang G, Li J, Yang M, Zong M, Han S, Pei Y, Borm T, Sun H, Miao L, Liu D, Yu F, Zhang W, Ji H, Zhu C, Xu Y, Bonnema G, Li J, Fei Z, Liu F. 2021. Genome sequencing sheds light on the contribution of structural variants to Brassica oleracea diversification. BMC Biology, 19: 93.
- Guo S, Zhao S, Sun H, Wang X, Wu S, Lin T, Ren Y, Gao L, Deng Y, Zhang J, Lu X, Zhang H, Shang J, Gong G, Wen C, He N, Tian S, Li M, Liu J, Wang Y, Zhu Y, Jarret R, Levi A, Zhang X, Huang S, Fei Z, Liu W, Xu Y. 2019. Resequencing of 414 cultivated and wild watermelon accessions identifies selection for fruit quality traits. Nature Genetics, 51: 1616-1623.
- Wu S, Wang X, Reddy U, Sun H, Bao K, Gao L, Mao L, Patel T, Ortiz C, Abburi VL, Nimmakayala P, Branham S, Wechter P, Massey L, Ling KS, Kousik C, Hammar SA, Tadmor Y, Portnoy V, Gur A, Katzir N, Guner N, Davis A, Hernandez AG, Wright CL, McGregor C, Jarret R, Zhang X, Xu Y, Wehner TC, Grumet R, Levi A, Fei Z. 2019. Genome of 'Charleston Gray', the principal American watermelon cultivar, and genetic characterization of 1,365 accessions in the U.S. National Plant Germplasm System watermelon collection. Plant Biotechnology Journal, 17: 2246-2258.
- Wang P, Yang L, Zhang E, Qin Z, Wang H, Liao Y, Wang X, Gao L. 2017. Characterization and development of EST-SSR markers from a cold-stressed transcriptome of centipedegrass by Illumina paired-end sequencing. Plant Molecular Biology Reporter, 35: 215-223.
- Li J, Gao L, Chen S, Tao K, Su Y, Wang T. 2016. Evolution of short inverted repeat in cupressophytes, transfer of accD to nucleus in Sciadopitys verticillata and phylogenetic position of Sciadopityaceae. Scientific Reports, 6: 20934.
- Gao L, Wang B, Wang Z-W, Zhou Y, Su Y-J, Wang T. 2013. Plastome sequences of Lygodium japonicum and Marsilea crenata reveal the genome organization transformation from basal ferns to core leptosporangiates. Genome Biology and Evolution, 5: 1403-1407.
- Wang Z, Wang C, Gao L, Mei S, Zhou Y, Xiang C, Wang T. 2013. Heterozygous alleles restore male fertility to cytoplasmic male-sterile radish (Raphanus sativus L.): a case of overdominance. Journal of Experimental Botany, 64: 2041-2048.
- Yi X, Gao L, Wang B, Su Y-J, Wang T. 2013. The complete chloroplast genome sequence of Cephalotaxus oliveri (Cephalotaxaceae): evolutionary comparison of Cephalotaxus chloroplast DNAs and insights into the loss of inverted repeat copies in gymnosperms. Genome Biology and Evolution, 5: 688-698.
- Gao L, Zhou Y, Wang Z-W, Su Y-J, Wang T. 2011. Evolution of the rpoB-psbZ region in fern plastid genomes: notable structural rearrangements and highly variable intergenic spacers. BMC Plant Biology, 11: 64.
- Gao L, Su Y-J, Wang T. 2010. Plastid genome sequencing, comparative genomics, and phylogenomics: current status and prospects. Journal of Systematics and Evolution, 48: 77-93.
- Gao L, Yi X, Yang Y-X, Su Y-J, Wang T. 2009. Complete chloroplast genome sequence of a tree fern Alsophila spinulosa: insights into evolutionary changes in fern chloroplast genomes. BMC Evolutionary Biology, 9: 130.
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姓 名 | 李珊 | 學 歷 | 博士 |
| 職 稱 | 研究員 | 職 務 | 碩士生導師 | |
| 通訊地址 | 武漢市東湖新技術開發區九峰一路201號 | |||
| 郵政編碼 | 430074 | 電子郵箱 | lishan@wbgcas.cn | |
| 姓 名： | 李珊 |
|---|---|
| 學 歷： | 博士 |
| 職 稱： | 研究員 |
| 職 務： | 碩士生導師 |
| 通訊地址： | 武漢市東湖新技術開發區九峰一路201號 |
| 郵政編碼： | 430074 |
| 電子郵箱： | lishan@wbgcas.cn |
簡要履歷
2017年畢業于中國農業大學，獲博士學位。2017-2019年在浙江大學進行博士后研究，2019-2021年在浙江大學任特聘副研究員。2021年12月進入中科院武漢植物園工作，主要從事番茄成熟和抗病基因挖掘和功能鑒定。以第一作者和通訊作者在New Phytologist、Plant Physiology、BMC Genomics、Food Quality and Safety和Cells期刊發表文章6篇，并參與發表SCI多篇。主持國家自然科學基金青年項目、浙江省自然科學基金、中國博士后科學基金、浙江大學青年科研創新專項等項目，并參與國家重點研發計劃和國家自然科學基金面上項目等多項科研項目。
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姓 名 | 於曉芬 | 學 歷 | 博士 |
| 職 稱 | 職 務 | 特別研究助理 | ||
| 通訊地址 | 武漢市東湖新技術開發區九峰一路201號 | |||
| 郵政編碼 | 430074 | 電子郵箱 | yuxiaofen@wbgcas.cn | |
| 姓 名： | 於曉芬 |
|---|---|
| 學 歷： | 博士 |
| 職 稱： | |
| 職 務： | 特別研究助理 |
| 通訊地址： | 武漢市東湖新技術開發區九峰一路201號 |
| 郵政編碼： | 430074 |
| 電子郵箱： | yuxiaofen@wbgcas.cn |
簡要履歷
2020年畢業于華中科技大學，獲博士學位。同年，加入華大智造科技有限公司，任生物技術研究員。2021年7月進入中科院武漢植物園工作，主要以番茄等重要蔬菜水果為研究對象，通過基因組學、轉錄組學等手段，解析果實品質、抗病性等關鍵農藝性狀形成的分子途徑和機理，致力于果蔬的分子改良和新品種創制。以第一作者在Plant Cell Reports、International Journal of Molecular Sciences、Frontiers in Plant Science等雜志發表SCI論文4篇。
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姓 名 | 吳攀 | 學 歷 | 博士 |
| 職 稱 | 職 務 | 特別研究助理 | ||
| 通訊地址 | 武漢市東湖新技術開發區九峰一路201號 | |||
| 郵政編碼 | 430074 | 電子郵箱 | wupan@wbgcas.cn | |
| 姓 名： | 吳攀 |
|---|---|
| 學 歷： | 博士 |
| 職 稱： | |
| 職 務： | 特別研究助理 |
| 通訊地址： | 武漢市東湖新技術開發區九峰一路201號 |
| 郵政編碼： | 430074 |
| 電子郵箱： | wupan@wbgcas.cn |
簡要履歷
2019年畢業于中國科學院大學，獲博士學位。2019-2021年在湖北大學生命科學學院從事博士后研究。2021年12月進入中科院武漢植物園工作。研究方向為植物脂質的合成和調控分子機制研究，目前主要從事番茄果實角質層生物合成和調控關鍵基因的發掘工作，并探討這些關鍵基因對番茄果實色澤、硬度和貨架期等采后品質的影響。近年來，在Plant Physiology and Biochemistry、International Journal of Molecular Sciences、BMC Plant Biology和The Plant Journal等雜志發表論文4篇。
